本會為社團法人，依照內政部社會團體設立的相關法令而設立，並依規定設有會員大會、理事會、監事會、理事長、副理事長等，職權分工清楚， 監審制度完備，因而達成健全、順暢之組織運作，推動本會會務。

以下分別介紹本會之組織架構：

會員及會員代表

會員為社團組織之基礎，一如國民之於國家，既有權利選出管理者，又受制度及管理者規範。基於本會成立之初衷，本會之會員皆為贊同本會宗旨， 又愛好佛法者，目前會員約六十餘人。

會員大會

會員大會為本會最高權力機構，舉凡年度工作計畫、預算、決算、選舉及罷免理、監事，以及與會員權利義務相關之事項，皆由會員大會議決， 正是「眾人之志，由眾人共成」。會議分為定期會議及臨時會議二種，定期會議每年召開一次。

理、監事會

本會設理事十七人、監事五人，由會員之中推選而出，每屆任期四年。理事會綜理重要會務，如：擬定年度工作計畫、報告及預算、決算等； 監事會負責監察理事會，審核年度決算等，達到行政監察制度的協調與平衡。理、監事會議至少每半年召開一次，必要時得召開臨時會議或理監事聯席會議。 

理事長

理事長任期四年（原為三年，九十五年修訂章程，改為四年），對內綜理督導會務，對外代表本會，並擔任會員大會及理事會主席。（下表為歷任理事長）